在澎湖海域,從下半年開始至109年有一個漁業資源的復育計畫,將投入很多經費,來辦理國家公園海域以外的海域經濟魚種的種苗開發,並辦理海上放流與追蹤,以及清除在澎湖海域沿岸礁岩的覆網,並選一、兩個地方來推動栽培漁業區,透過漁民自主性來管理。