報請行政院核定設立國家公園的時候，依國家公園法施行細則第3條規定擬具國家公園計畫書及圖，並依據99年新增之國家公園法第6條第3項，將澎湖縣政府102年公告的「完全禁漁區」劃為「海域生態保護區」，「底刺網禁漁區」、「底刺網季節性禁漁區」劃為「海域特別景觀區」，並在計畫保護利用管制原則中規定，「海域特別景觀區」以保護珊瑚礁生態與海洋特殊天然景緻為目的，得許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動，惟經漁業主管機關公告禁止管制之漁業活動除外；倘有違者，這時會以違反國家公園法第13條第8款規定，依同法第26條處1,000元以下之罰鍰。