由於原住民族合作社較欠缺經營管理及財務管理等專業，本會未來可規劃原住民族企業教育訓練時，將合作社納入一起訓練，因為合作社可以透過與企業的交流，學習到企業如何經營，企業也可以從合作社身上學到社會企業的精神，未來在對合作社輔導的方向，也會思考將合作社轉型介接為公司，或新創組織型態，如此一來，就可以運用到經濟部或者是國發會相關資源，原住民族合作社可以獲得的這樣的資源就不只限於原民會，其他部會的資源都可以運用到，未來會繼續努力。

原民會近年來積極扶植原住民族的企業，而原住民族合作社家數雖然少，仍有專管中心在進行相關的輔導工作。原住民族合作社遇到的問題有：欠缺財務規劃、不諳相關法規、缺乏專職行政人力等，因為很多的案子要去招標，或是尋找業務的來源，必須要有專職人員，因此，原民會從去年開始，就提供全國原住民族合作社專案經理人的薪資補助。

原民會這幾年針對原住民族合作社都有相關的輔導機制，包括低利率的貸款、年度考核績優獎勵、觀摩研習及教育訓練補助、專職人員薪資補助等。

目前全國營運中的原住民族合作社約有一百三十五家左右，原住民族合作社的型態跟大家熟知的消費合作社型態不太一樣，原住民族是以勞動合作社比例較高，性質在工程類或者是綠美化等勞動性居多。