此外，後續處理設施興建營運等各階段，不僅須受各環保法規規範，亦受各相關法規管理；另外民眾最擔心的空污排放問題，在未來營運階段本局將要求設置24小時連線監測設備外，並透過連線方式將連續監測數據即時公開於本府環保局網頁，供民眾監督。

另外，台中市后里焚化廠旁邊即有花田拼布公園、蝴蝶蘭園、白荷花池；溪州焚化廠旁邊亦有悅心溫室農場、翡翠園果菜生產合作社、溪州公園等等，也都未曾聽聞有污染農作事件。

相較於過往興建焚化廠時，可能因為污染控制技術較不周全，導致民眾對於焚化廠的觀感不佳，但隨著時科技進步及操作經驗累積，焚化技術更臻成熟，興建焚化廠並不代表就會帶來高污染。 以台南市城西焚化廠為例，旁邊也鄰近烏魚養殖區、曾文溪口濕地、城西保安林區等，但城西廠營運21年來從未聽聞有對附近魚塭區造成任何污染情形。

本府執行「新竹縣促進民間參與高效能垃圾熱處理設施投資BOO案」，投資廠商將引進日商荏原公司的設備及技術，同時亦針對空氣污染防制設施部分，加設強制冷卻設備，並加強廢氣再循環、低空氣比高速燃燒措施及燃燒圖像辨識功能等，有助於降低空氣污染生成量；投資廠商亦承諾將後續營運階段，降低空氣污染排放值，除低於法規規範外，更優於以往環評承諾排條件。