申請保證作業流程的部分,農信保是間接保證,也就是農、漁友借款人需要融資時,先向農信保的簽約金融機構提出申請,並經金融機構授信審核通過,惟當金融機構認為農漁友借款人擔保力不足,而需加強債權擔保時,會藉由金融機構向農信保提出保證的申請,經農信保審核通過核發保證函,這時農漁友借款人就可以順利取得營農所需要的資金,保證手續費係由借款人負擔。