至於科技部、公私立大學(學研機構)與教授間的補助關係,是由科技部透過徵求公告或規定週知研究計畫,教授向所服務的公私立大學遞件,該機構也會依內部程序、相關規定(如會計單位或研發單位等)把關,再向科技部申請送件;科技部經審查後,公布函知給各該申請的公私立大學。 後續的計畫執行期間、繳交相關報告等,依據各該徵求公告或規定辦理。這些報告、單據亦從學校端審核。中間的把關者,除主持人簽核、會計或研發等單位審認,這些也要符合公私立大學的內部規定,再依本部相關規定續處。