宗教性的社團雖然具宗教性質,但是全國性宗教社團,其主管機關是內政部的合團司,地方性的宗教社團主管機關則是地方政府的社政機關。又因為宗教性社團具有雙主管機關的特色,所以若是宗教性質,其目的事業主管機關也會在內政部的民政司或者是地方政府的民政機關。